En juillet 1994, le gouvernement fédéral a rendu publique sa politique aéroportuaire selon laquelle il se retirait de la propriété, de la gestion et de l’exploitation de tous les aéroports. Les aéroports régionaux et locaux devant être transférés au milieu, des démarches furent amorcées en 1995 concernant la prise en charge de l’aéroport de Mont-Joli. Ce n’est qu’en 2005, après maintes discussions et avec l’appui du gouvernement du Québec, que le mileu régional reprenait et administrait l’aéroport de Mont-Joli, donnant naissance à la Régie intermunicipale de l’aéroport régional de Mont-Joli le 1er janvier.

La Régie intermunicipale de l’aéroport régional de Mont-Joli avait comme premier mandat d’accorder, durant deux ans, les emplois aux employés de transports Canada déjà présents. Par la suite, la Régie a développé une politique de main-d’œuvre et des contrats de travail avec l’ensemble de ses employés.

Indépendamment du Conseil d’administration qui se réunit mensuellement, la Régie administre l’aéroport comme une municipalité, selon la Loi des cités et villes et le code municipal, par règlements, par budget.

Le personnel de l’aéroport est composé de madame Carole Duval, directrice générale, madame Stéphanie Leclerc, secrétaire-comptable et de trois employés opérateurs, pour l’entretien et les réparations, soit un mécanicien, un électricien et un ouvrier. À l’équipe en place s'ajoutent  des employés saisonniers pour l’entretien, . En ce qui a trait à la conciergerie et à la sécurité, la Régie est sous contrat avec les entreprises Pétro-T.

Regroupant les quatre municipalités régionales de comté du Bas-Saint-Laurent, soit celles de Matane, de Rimouski-Neigette, de La Matapédia et de La Mitis, le Conseil d’administration de la Régie est composé de deux membres délégués par chacune des quatre MRC :

- MRC de La Mitis, monsieur Jean Bélanger, maire de la Ville de Mont-Joli, et monsieur Claude Dupont, représentant de la MRC de La Mitis;
- MRC de Matane, Monsieur Claude Canuel, Maire de la Ville de Matane, et Monsieur Yvan Imbeault, préfet de la MRC de Matane;
- MRC de Rimouski-Neigette, monsieur Éric Forest, maire de Rimouski, et monsieur Gilbert Pigeon, préfet de la MRC de Rimouski-Neigette;
- MRC de La Matapédia, monsieur Gaétan Ruest, maire de la Ville d’Amqui et Madame Chantal Lavoie, préfet de la MRC de La Matapédia.

Président actuel. Monsieur Gilbert Pigeon, préfet de la MRC de Rimouski-Neigette.
Vice-président : Monsieur Jean Bélanger, maire de la Ville Mont-Joli.