Plaque tournante du trafic aérien pour l’Est-du-Québec, l’aéroport de Mont-Joli dessert principalement deux compagnies d’aviation qui assurent des vols réguliers, soit Air Canada et Pascan Aviation.

- Air Canada effectue des vols journaliers en direction de Baie-Comeau et de Montréal, soit deux vols quotidiens sauf le samedi où il y a un vol en avant-midi; durant la saison estivale, il n'y a toutefois qu'un seul vol par jour; les vols de Air Canada permettent de nombreuses connections à l'aéroport Montréal/Trudeau;

- Pascan Aviation effectue des vols quotidiens en direction de Québec, Montréal, Baie-Comeau, Sept-Îles, Wabush et Havre-St-Pierre tout au long de l’année, 5 jours/semaine, du lundi au vendredi;

- L’aéroport de Mont-Joli est aussi la desserte officielle pour l’Île d’Anticosti pour les compagnies Sépaq Anticosti et la Pourvoirie du lac Geneviève qui nolisent elles-mêmes les aéronefs nécessaires, tout comme la compagnie Produits Forestiers Anticosti pour le recrutement de son personnel;

- L’aéroport de Mont-Joli représente également un atout majeur quant aux services de santé offerts à la population avec ses possibilités d’accueil de l’avion-ambulance du gouvernement du Québec qu’il reçoit régulièrement, y compris le Challenger qui peut atterrir à Mont-Joli en toutes conditions;

- Différentes autres compagnies d’aviation de nolisement font affaire avec l’aéroport de Mont-Joli selon les besoins, dont Aéropro qui opère un comptoir à l’aérogare.